A realização do exame é desconfortável devido aos estímulos elétricos e introdução do eletrodo de agulha na pele. Contudo é perfeitamente tolerável sem necessidade de sedação ou anestesia. A sedação prejudica a eletromiografia, devido a necessidade de colaboração do paciente durante o procedimento.
A estimulação elétrica poderia, teoricamente, interferir em aparelhos implantados como marca-passos e desfibriladores, mas estudos com pacientes não confirmam estes riscos. A realização da eletroneuromiografia em pacientes com marca-passo é considerada segura. Contudo, pacientes com desfibriladores implantados podem necessitar de autorização do cardiologista.
Os eletrodos de agulhas utilizados são descartáveis e serão introduzidos na pele após assepsia local. Ainda assim, a introdução do respectivo eletrodo, pode servir de porta de entrada para bactérias. Esse risco aumenta se a região examinada estiver com sinais inflamatórios ou se houver manipulação do local com mãos e/ou objetos contaminados. Se o local da punção inflamar/infeccionar, deve-se procurar um médico.
A punção pode gerar hematomas (manchas roxas), que geralmente desaparecem em alguns dias. Contudo, em pacientes que fazem uso de medicações anticoagulantes ou antiagregantes plaquetários, bem como aqueles com doenças do sistema de coagulação, pode haver formação de hematomas intramusculares importantes. Em casos excepcionais, pode até ser necessária a drenagem cirúrgica do hematoma (evento raro).
O médico responsável poderá esclarecer suas dúvidas imediatamente antes do início do exame.